原材料新鮮度：原材料的新鮮度對(duì)制成品的蛋白質(zhì)質(zhì)量密切相關(guān)。縮短鮮魚從捕獲到加工的時(shí)間間隔，以及使用冰水保鮮，防止鮮魚變質(zhì)是十分重要的。鮮魚變質(zhì)會(huì)產(chǎn)生生物胺，例如組胺和尸胺，這些物質(zhì)可以作為判斷魚粉新鮮度的指標(biāo)。
? 加工過程的溫度控制：工廠的加工控制對(duì)于生產(chǎn)高品質(zhì)魚粉有重要作用。蒸煮及烘干溫度控制在90℃以下能提高制成品的營(yíng)養(yǎng)價(jià)值，尤其能提高制成品的消化率，同時(shí)滅活原材料中含有的有害細(xì)菌。
? 脂肪穩(wěn)定度：魚粉、魚油中EPA和DHA等多重不飽和脂肪酸的含量較高，容易氧化變質(zhì)，需向其中添加乙氧喹等抗氧化劑，在炎熱環(huán)境中更應(yīng)如此。
? 衛(wèi)生控制：為提高制成品的質(zhì)量，漁船儲(chǔ)存鮮魚的裝置、運(yùn)輸設(shè)備、工廠儲(chǔ)魚池等裝置及設(shè)備都必須潔凈、衛(wèi)生，以防鮮魚變質(zhì)。生產(chǎn)工廠應(yīng)干濕分離，并盡可能地減少不同生產(chǎn)程序之間的人員及設(shè)備流動(dòng)。生產(chǎn)工廠應(yīng)采取措施防止沙門氏菌或霍亂弧菌、志賀氏菌對(duì)制成品的污染。因此，應(yīng)謹(jǐn)防生產(chǎn)廠房有其他昆蟲、動(dòng)物或鳥類糞便的存在。工廠應(yīng)制定一套切實(shí)可行的衛(wèi)生控制體系。

養(yǎng)殖動(dòng)物是很多人類食品的原料來源。因此，安全衛(wèi)生的動(dòng)物飼料對(duì)動(dòng)物及人類健康都有重要的影響，飼料及食品鏈的安全也成為整個(gè)產(chǎn)業(yè)的首要目標(biāo)。國(guó)際飼料安全聯(lián)盟（IFSA）由歐洲主要的飼料產(chǎn)業(yè)控制協(xié)會(huì)聯(lián)合組成，其中包括以飼料原料保證機(jī)制（FEMAS）為標(biāo)準(zhǔn)的英國(guó)工農(nóng)業(yè)聯(lián)盟、以優(yōu)良動(dòng)物飼料生產(chǎn)規(guī)范（GMP）為標(biāo)準(zhǔn)的比利時(shí)OVOCOM組織、以飼料生產(chǎn)行業(yè)產(chǎn)品質(zhì)量與安全保障體系標(biāo)準(zhǔn)（GCM+）為標(biāo)準(zhǔn)的荷蘭動(dòng)物飼料產(chǎn)品委員會(huì)（PDV）、以動(dòng)物飼料質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)手冊(cè)（QS）為標(biāo)準(zhǔn)的德國(guó)QS組織以及歐洲飼料產(chǎn)業(yè)聯(lián)盟 (FEFAC)。這個(gè)體系以ISO 19011:2002和“危害分析關(guān)鍵控制點(diǎn)（HACCP）”機(jī)制為基礎(chǔ)，標(biāo)準(zhǔn)涵蓋了對(duì)申請(qǐng)人及審計(jì)人的具體要求。“危害分析關(guān)鍵控制點(diǎn)（HACCP）”機(jī)制需要外部檢測(cè)人員確定關(guān)鍵控制點(diǎn)，嚴(yán)格監(jiān)控及記錄相關(guān)信息。一旦出現(xiàn)任何容許范圍外的偏差，外部檢測(cè)人員應(yīng)立刻調(diào)查，同時(shí)詳細(xì)記錄所發(fā)生的問題及解決方式，以備查詢。質(zhì)量保證體系確保產(chǎn)品安全、純凈、可追溯。

可追溯性：魚粉、魚油使用者可以追蹤魚粉、魚油自生產(chǎn)至運(yùn)輸、儲(chǔ)存的全部過程。

安全性：魚粉、魚油的雜質(zhì)、純度等各項(xiàng)指標(biāo)均達(dá)到法律規(guī)定的質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)，不含致病生物、真菌毒素及天然毒素等。

無污染：魚粉、魚油生產(chǎn)工廠應(yīng)僅處理海魚或其他海洋甲殼或軟體動(dòng)物，而不能處理哺乳動(dòng)物或鳥類等其他種類的動(dòng)物。生產(chǎn)工廠需要確立一個(gè)有效的檢測(cè)機(jī)制，以防在生產(chǎn)加工過程中魚粉、魚油被污染。